加班费扣税计算方法：应纳税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数。目前，个人所得税的起征点为5000元。全月应纳税所得额=（应发工资-五险一金）-5000。
《个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
公司不给加班费可根据《劳动争议调解仲裁法》第四条的规定处理，发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。
根据《劳动争议调解仲裁法》第五条规定，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
不合法的。找法网提醒您，加班费的具体数额可由用人单位与劳动者协商决定，适用意思自治原则，一般情况下约定加班费的具体数额时，应注意：加班费计算基数不得畸低于劳动者正常工作时间工资标准；加班费计算基数不得低于最低工资标准。
