加班费属于劳动者劳动报酬所得的有效组成部分，个人所得税是按照劳动报酬的总额进行扣取，加班费也是要扣个人所得税的。
《个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应纳个人所得税：
1、工资、薪金所得；
2、个体工商户的生产、经营所得；
3、对企事业单位的承包经营、承租经营所得；
4、劳务报酬所得；
5、稿酬所得；
6、特许权使用费所得；
7、利息、股息、红利所得；
8、财产租赁所得；
9、财产转让所得；
10、偶然所得；
11、经国务院财政部门确定征税的其他所得。
1、标准工时制度的加班费计算。
按照劳动部《关于印发<工资支付暂行规定>的通知》，应按以下标准支付工资：
（1）用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资；
（2）用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资；
（3）用人单位依法安排劳动者在法定休假日工作的，按照不低于劳动合同的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。
2、综合计算工时制度的加班费计算。
按照劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》和《关于职工工作时间有关问题的复函》规定，经批准实行综合计算工时工作制的企业，在综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间并按《劳动法》第44第1款的规定支付工资报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第44第3款的规定支付工资报酬。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
3、不定时工时制度的加班费的计算。
一般情况下，经批准实行不定时工作制的企业不需要支付加班费。但是应当注意，用人单位在法定休假日安排职工工作的，仍然应当按照不低于本人工资标准的300%支付加班费。
4、实行计件工资制度的加班费计算。
实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。
1、一般情况下，计算加班工资的基数应根据劳动合同中约定的工资标准确定。在不低于最低工资标准的情况下，劳资双方可以在劳动合同内自由约定合理的加班费计算基数。
2、用人单位应该每月进行加班统计，并有劳动者签字确认，声明加班时间以该加班统计为准。
3、考勤制度应与加班制度相呼应，且用人单位保存考勤记录不得少于2年。
4、工资单上明确加班工资。
5、在劳动关系存续期间，用人单位拖欠劳动者加班工资的，劳动者可以随时向劳动争议仲裁部门提起仲裁，要求用人单位支付加班工资，不受时效的限制；在劳动关系结束后一年内，如果劳动者主张权利、向有关部门请求权利救济或者用人单位同意支付的，则仲裁时效重新计算。
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