医疗期终止合同如下处理：
劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条
【用人单位不得解除劳动合同的情形】劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：
（一）从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的；
（二）在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的；
（三）患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的；
（四）女职工在孕期、产期、哺乳期的；
（五）在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的；
（六）法律、行政法规规定的其他情形。
找法网提醒您，规定的医疗期一般是三个月到二十四个月内。如果职工的实际工作年限在十年以下的，在本单位的工作年限在五年以下的，医疗期为三个月；在本单位的工作年限在五年以上的，则医疗期为六个月等。
《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条
企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：
（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。
（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。
医疗期是要发工资的，工资的数额可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的百分之八十。用人单位不得以医疗期员工未上班为由拒接支付工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十一条
劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
