确定保密协议中的违约金标准的方式是由用人单位与劳动者双方约定的，一般约定的违约金不超过实际造成的百分之三十。若劳动者违反保密协议约定，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
保密协议应当具备以下条款：
1.商业秘密的权属；
2.保护商业秘密的内容；
3.用人单位和劳动者的基本信息；
4.保密的有效期限；
5.保密的措施；
6.违反保密义务的违约责任和赔偿条款；
7.保守商业秘密的代价；
8.解决争议的方法；
9.其他。
违反保密协议的法律责任：造成用人单位损失的，承担赔偿责任；工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处罚款；构成侵犯商业秘密罪的当事人，依法承担刑事责任；其他。
《中华人民共和国刑法》第二百一十九条，有下列侵犯商业秘密行为之一，情节严重的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金：
（一）以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的；
（二）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；
（三）违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。
