员工自动离职公司不可以不发工资。因为有相关的法律规定，劳动者为用人单位付出劳动后，就相应地有获得劳动报酬的权利。这是赋予劳动者的基本权利之一。即使是自动离职，但毕竟是为公司工作过，同样需支付工资，如果用人单位因为员工自动离职不给工资，是违法行为。
找法网提醒您，公司可因自动离职作适度的工资扣减，但这必须建立在合乎程序的规章制度度之下，比如规章制度经民主程序讨论经大部分职工认可，进行公示，员工入职有进行培训并签名确认，或者劳动合同中有约定。否则公司就不能随便扣减员工工资，因为公司没有行政处罚权。而至于扣减工资，一般不能超过百分之二十，或扣减后所剩工资不得低于最低工资标准。
辞职后可以进行劳动纠纷仲裁。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定没有超过申请仲裁时效的可以申请劳动仲裁。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。
试用期离职工资在办理离职手续交接的时候，一并计算且发放给离职的劳动者。
《中华人民共和国劳动法》第二十条，劳动者在试用期的工资不得低于本单位同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。
