三方协议违约金超过5000是否有效，要看违约时的损失总额有多少，一般来说，如果违约金没有超过实际损失百分之三十的，就是有效的。找法网提醒，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
签署三方协议后可以不任职，但是需要按照协议的约定办理解约手续。最好是第一时间和公司协商，看是否需要缴纳违约金，然后按以下流程办理解约手续∶
1.用人单位开据解除协议书证明。
2.填写毕业生违约申请表并由辅导员、学院相关领导审核签字。
3.持解除协议证明、已签订的就业协议书（4份）、违约申请表到学校毕业生就业指导中心办理解除协议手续。
4.经学校毕业生就业指导中心审核，5个工作日后办理新的协议书。
三方协议的签署流程如下：
1.毕业生和用人单位在供需见面、双向选择的基础上确定用人意向，毕业生填写本人基本情况并签名。
2.在双方在场情况下填写协议内容，接收单位及主管部门填写基本情况并盖章或接收单位及人事代理部门签署意见并盖章。
3.毕业生拿协议书回所在系盖章，交院毕业生就业指导中心鉴暑意见并盖章(交签证费)，院毕业生就业指导中心将就业协议书送省教育主管部门签证、缴费并盖章。
4.院毕业生就业指导中心将协议书单位联和毕业生自存联返还单位和毕业生，编制就业计划，企业发放报到证。
