员工旷工扣工资需要根据用人单位的具体规章制度进行处罚。法律未具体明确规定。对于员工应当按照合同的约定履行各自的义务，遵守用人单位的规章制度，无正当理由经常无故旷工连续超过15天或者旷工超过30天的，企业有权予以除名。用人单位有制定规章制度的权利，规章制度的建立经过公示，规定了旷工的处罚，是发生效力的。
根据《劳动合同法》第二十九条的规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
法律有明文规定工资的计算方式，如果员工旷工不来工作，只能扣除其旷工的那几天的工资，不能扣除全部工资，也不能扣除双倍工资。也就是说，员工付出了劳动，则应当计算其工作时间的工资。
《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。所以，劳动者当月工作了多少天，就必须发多少天的工资，旷工的时间不应扣发工资，如给用人单位造成了损失，就需要承担赔偿责任，最多只能扣除当月工资的20%。
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