劳动者违反保密协议的约定，给公司造成损失的，一般是按给公司造成的实际损失进行赔偿。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条 【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第九十条 【劳动者的赔偿责任】劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
1、约定保密条款。企业可以与员工在劳动合同中约定保密条款，就保守商业秘密的事项作出详细的约定。保密条款不是劳动合同的必备条款，而是由企业和员工选择约定的条款，有保密要求的企业最好在合同中设计该条款。
2、签订保密合同。企业可以同接触商业秘密的员工签订专门的保密协议。保密协议与保密条款的区别在于，前者是一个完整的合同，内容更为具体，后者只是劳动合同的一部分，相对比较简略。前者可适用于容易接触或关键性岗位的员工，后者对全部员工都可适用。
3、制定保密制度。制定规章制度是企业管理的有效手段，企业可以通过制定保护商业秘密的规章制度对员工进行约束，形式可以是员工手册中的一章，也可以是专门的规章制度。当然，该规章制度的规定必须合法，并应按照法定的程序征求工会或职工代表意见，并予以公示。
5、约定竞业限制。由于员工的流动性，掌握企业商业秘密的员工离开企业后很有可能泄露企业的商业秘密，特别是进入到竞争对手单位或自行创业的员工。企业可以采取签订竞业限制协议的方式约束员工，但应当依法支付竞业限制补偿金。
1、在试用期间被证明不符合录用条件的；
2、严重违反用人单位的规章制度的；
3、严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
4、劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
5、因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
6、被依法追究刑事责任的。
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