《劳动合同法》既然对商业秘密有了专条规定，那我们就不能忽视它在劳动关系层面能发挥的作用。保密协议可以作为劳动合同里的一个单独条款；也可以在劳动合同之外单独制定一部保密协议，作为与劳动合同具有同等法律效力的一份合同存在。
无论以哪种形式存在，保密协议必须具备如下内容：
（１）保密主体：用人单位和劳动者；
（２）保密的内容，包括设计、程序、产品配方、客户名单、货源情报、制作工艺、竞争对手情况等；
（３）保密方式：如不得接触竞争对手；不得把信息带出办公室；保密资料的电脑不得连接外部网络或者配备专门的审计人员定期审计等。离职员工的保密方式主要是通过竞业限制条款来约束；
（４）用人单位的责任。如履行保密义务的员工给予经济补偿金等；
（５）保密期限：约定劳动者应当承担保密的起止时间；
（６）争议解决方式及违约金的承担等。
１、民事责任
只要保密协议中约定了违约金，不论员工的违约行为是否给用人单位造成了实际损失，用人单位都可以要求员工支付违约金，而赔偿金则建立在实际损失基础上，如果保密协议中没有约定违约金，而员工的违约行为又没有给用人单位造成实际损失，用人单位就不能要求员工支付赔偿金。
根据《违反＜劳动法＞有关劳动合同规定赔偿办法》第五条的规定赔偿：“劳动者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，按《反不正当竞争法》第二十条规定支付用人单位赔偿费用。”《反不正当竞争法》第二十条规定了两种损失或者说赔偿额的计算方法，一是按照实际损失计算；二是实际损失难以计算的，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润。作为补充，还规定侵权人应当承担被侵害人因调查该不正当竞争行为所支付的合理的费用。
２、行政责任
根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处以一万元以上，二十万元以下的罚款。同时工商管理机关还可以责令侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。
３、刑事责任
根据《刑法》的有关规定，如有以下行为，并且给商业秘密的权利人造成重大损失的，处３年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金，造成特别严重后果的，除３年以上７年以下有期徒刑，并处罚金：
（１）以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获得权利人的商业秘密的；
（２）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密；
（３）违反约定或者权利人有关保守商业秘密的要求，披露，使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密。
根据2001年4月，最高人民检察院、公安部颁布《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》，重大损失包括给商业秘密权利人造成直接经济损失数额在五十万元以上的；致使权利人破产或者造成其他严重后果的。
１、劳动者与用人单位应约定商业秘密的权属和保护商业秘密的内容。关于保密的内容和范围，我国法律并没有确切规定什么内容、什么形式才算是商业秘密，一般包括技术信息、经营信息，细分下来，名目众多。企业可以采用秘密清单的方式来明确员工保密的范围和具体内容，以免就是否属于商业秘密及应否保密产生分歧。
２、应约定保密的有效期限。因为保密的期限往往会超过劳动关系存续的期限而延续到劳动者离职以后的一段时间，特别是解除劳动合同后的一段时间。
３、应约定保密的措施，如竞业禁业和在劳动关系终止前６个月，用人单位有权单方决定调动劳动者的工作岗位等。
４、应约定保守商业秘密的代价（即保密的待遇和经济补偿）。
５、应约定保密的义务和责任，以及违反保密义务的违约责任和赔偿条款。
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