劳动者可在劳动仲裁中依法申请整个劳动合同存续期间所有的未付加班费，只能“追溯两年”的说法，没有法律依据。
根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（二）》第一条第（一）款：“在劳动关系存续期间产生的支付工资争议，用人单位能够证明已经书面通知劳动者拒付工资的，书面通知送达之日为劳动争议发生之日。用人单位不能证明的，劳动者主张权利之日为劳动争议发生之日。”之规定，并结合你介绍的情况来看，加班费属劳动报酬的一种，如用人单位未书面通知拒付加班费，劳动者可在劳动仲裁中依法申请整个劳动合同存续期间所有的未付加班费，只能“追溯两年”的说法，没有法律依据。
追讨加班费的，应在劳动关系终止后的一年内提出仲裁。
根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。”之规定，追讨加班费的，应在劳动关系终止后的一年内提出仲裁申请，可申请包括整个劳动合同存续期间内所有的未付加班费，以依法维护自身合法权益。
加班费是指劳动者按照用人单位生产和工作的需要在规定工作时间之外继续生产劳动或者工作所获得的劳动报酬。劳动者加班，延长了工作时间，增加了额外的劳动量，应当得到合理的报酬。对劳动者而言，加班费是一种补偿，因为其付出了过量的劳动；对于用人单位而言，支付加班费能够有效地抑制用人单位随意地延长工作时间，保护劳动者的合法权益。根据劳动法和国家的有关规定，用人单位在延长劳动者工作时间的情况下应当支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬，即加班费。2012年2月，税务总局纳税服务司表示节假日加班费需依法纳税。
按照劳动法第四十四条的规定，支付加班费的具体标准是：在标准工作日内安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于百分之三百的工资报酬。标准工作时间以外延长劳动者工作时间和休息日、法定休假日安排劳动者工作，都是占用了劳动者的休息时间，都应当严格加以限制，高于正常工作时间支付工资报酬即是国家采取的一种限制措施。但是，在上述三种情形下组织劳动者劳动是不完全一样的，如法定休假日对劳动者来说，其休息有着比往常和休息日更为重要的意义，也影响劳动者的精神文体生活和其他社会活动，这是用补休的办法无法弥补的，因此，应当给予更高的工资报酬。用人单位遇到上述情况安排劳动者加班时，应当严格按照劳动法及本法的规定支付加班费。属于哪一种情形的加班，就应执行法律对这种情况所作出的规定，相互不能混淆，不能代替，否则都是违反劳动法和本法的行为，都是对劳动者权益的侵犯，应当依法承担法律责任。
根据本条的规定，变相强迫劳动者加班的，应当视为违反劳动法的规定延长劳动者的工作时间。劳动者可以依据劳动法和本法的有关规定，要求用人单位补发其为了完成超过合理数量的劳动定额而加班工作的工资报酬。
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