(一)“阴合同”、“阳合同”均无效的情形
1、“阴合同”，不管签订在中标之前阳合同、签订在中标之后或者签订在中标同时，按照《合同法》第52条规定有下列情形之一的，合同无效：
(1)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;
(2)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;
(3)以合法形式掩盖非法目的;
(4)损害社会公共利益;
(5)违反法律、行政法规的强制性规定。
2、根据《最高人民法院关于审理建设工程合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“最高院解释”)第1条的规定，建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第52条第5项的规定，认定无效，即这些情况下，无论是“阴合同”还是“阳合同”，都应以违背法律法规的强制性规定为由，认定当事人之间所签订的相关合同为无效：
(1)承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的;
(2)没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的;
(3)建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。
(二)“阳合同”部分条款有效的情形
虽然《招标投标法》第46条规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。但根据“最高院解释”第21条：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”我们不难看出，在司法实践中，如果开发商与施工企业在招投标手续方面并未违反法律法规的规定，则一般认定经过备案的“阳合同”关于工程价款结算的约定内容部分是有效的，按备案合同的约定确定工程价款等问题。而对于双方当事人就相同工程内容另行签订的未备案的协议一般则不应予以认定。
同时根据《合同法》的相关规定，无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。在司法实践中认定依据“阳合同”约定的价款结算方式，并不认为是对整体“阳合同”效力的认可。
“阴合同”特定条件下有效的情形
《招标投标法》第46条虽然规定了不得签订背离合同实质性内容的其他协议，但同时从“最高院解释”第19条：当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。“最高院解释”第20条：当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。以及《合同法》关于情势变更的规定看，并不是说招投标形成的建设工程合同绝对不能做实质性的变更，此种变更只要不违背立法宗旨，在同时具备以下三个条件下对招投标形成的建设工程合同的实质性内容合法变更的“阴合同”就应认定为合法有效，当然对于如何认定具体的变更行为不是为规避招投标，如何对合同实质内容进行变更，是否需要重新进行招投标，如何进行立法规范等问题有待进一步研究解决。
１、在《司法解释》施行前，垫资合同，政府部门规定一直是不予备案的，在司法解释后政府有关部门开禁，垫资合同给予备案，已能成为“白合同”。
２、当事人签订中标合同后，如果出现了变更合同的法定事由，双方协商一致后可以变更合同或签订不同协议。但是合同变更的内容或补签订协议，应当及时到有关部门备案，而正常合同的变更司法解释19条明确规定“当事人对规程量有争议的，按照施工过程中形成的签证文件确定，承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量，此种情况下无需备案，另外合同双方签订的补充合同正文的内容，如是主合同的一部分，其内容是对主合同的补充并不存在与主合同实质性内容相违背的情况，虽未经备案，但不影响效力”。如果未到有关部门备案，就不能成为结算的依据，如何后续备案也需要有关行政部门及时出台相应的管理制度。
３、“黑合同”以补充合同形式出现，但并不因此可以改变“白合同”中对仲裁协议的约定。“白合同”中的仲裁协议仍然可以对补充合同形式的“黑合同”具有约束力。
４、“黑白合同”普遍存在施工企业到底如何应对，司法解释目的是为了与《招标投标法》第46条禁止性规定相一致。使招投标程序确定的实质性内容落实到合同中去，确保当事人按该实质性内容履行，【应当招标的工程（国发改委）３号令】，至于其他不属于依法应当招标的工程签订“黑白合同”发生纠纷时，以那一份合同为准，应依《合同法》相关规定执行；有时间先后的，以后签订的合同为准，没有时间先后、不能证明时间先后或虽有时间先后但双方履行的是先签订的合同的，则实际履行的合同为准，既无时间先后，又无法证明实际履行情况的，则以备案的合同为准。
一些建筑企业屈从于发包人的压力而签订“黑合同”的情形较为常见。“黑白合同”的出现直接造成招投标流于形式，为了维护中标合同的严肃性，我国《招标投标法》及相关行政法规规定了，招标人与中标人必须按照招标文件和中标人的投标文件订立合同，否则要给予相应处罚，同时中标合同的变更必须经过法定程序。
与此同时，我国《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第２１条，该条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”
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