单位变更合同，员工是可以拒绝签订的，员工与单位协商不成，可以解除劳动关系，同时单位支付员工经济补偿。
《劳动合同法》
第四十条 有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
(一)劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的;
(二)劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的;
(三)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
实践中，引起主体变更的情况一般有两类，第一类是企业合并、分立的情况，第二类是企业将某些特定员工进行转让的情况。根据劳动合同主体变更的不同情形，劳动合同下权利义务承继的操作也有所差异。
合并与分立情形
《劳动合同法》第三十四条规定：“发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。”据此，企业合并或分立的情况下，劳动合同继续有效，只是主体变更为新的企业。
当然，原劳动合同继续有效，并不意味着合同内容一成不变，企业仍可以根据《劳动法》第二十六条第三款规定，以“劳动合同订立时依据的客观情况发生重大变化，致使原合同无法履行”为由，协商变更，直至。
并且劳动部《关于贯彻〈劳动法〉若干问题的意见》第37条的规定直接赋予企业该等选择权：用人单位发生分立或合并后，分立或合并后的用人单位可依据实际情况与原用人单位的劳动者遵循平等自愿、协商一致的原则，变更、解除或重新签订劳动合同。
除了企业的合并和分立以外，另一种经常出现的情况是企业根据经营需要，将某些员工的劳动合同直接转让给第三方企业。
比如某些企业在为客户提供服务的过程中，客户出于保密和长期稳定的需要，需要企业将提供服务的员工直接转让给客户。常见的做法是企业之间签定转让协议，约定将劳动合同直接进行转让。虽然《合同法》第八十八条规定合同可以概括转让，即“当事人一方经对方同意，可以将自己在合同中的权利和义务一并转让给第三人。”
但是劳动合同由于具有很强的人身属性，一般无法进行这种概括转让。员工签订劳动合同时依据的情况与第三方企业的情况可能有诸多差别，不论工作地点、劳动条件还是劳动纪律、福利，劳动合同与第三方企业的既有情况都可能发生冲突。即使员工最初同意这种转让，其后也可能依据第三方企业与原企业之间的种种不同情况提出异议。
为实现企业之间的这种转让，可以采取三种方式。第一种方式是员工辞职然后与第三方企业签定新的劳动合同。第三方企业在发给员工的要约中必须明确规定，只有员工向原企业提出辞职，要约才能生效。这样做的好处在于原企业无需为此支付经济补偿金，但是第三方企业对于员工将会给出较高的待遇以获取员工的同意。
第三种方式是三方协商转让，约定由第三方企业承继原企业在劳动合同项下的权利义务，但第三方企业可以与员工进行协商变更。这种方法应当约定员工的工龄继续计算，并且在原合同项下的权利应当得到保障。如此，企业将无需立即支付经济补偿金，而员工的合法权益也并不受到任何损害。
必须注意的是，无论采用哪一种方式，都必须取得员工的同意。
第二种方式是企业与员工协商终止劳动合同。为此企业可以签订协议，约定由第三方企业负担向员工支付的经济补偿金。
