一、建设工程施工合同纠纷诉讼主体的确定
建设工程施工合同纠纷案件当事人比较复杂。在处理该类案件中，较为常见的有以下六种情况：
1、因转包、违法分包合同发生纠纷，实际施工人只起诉承包人索要工程款的，应予准许，原则上不将发包人列为案件当事人。但承包人要求追加发包人为第三人并对其主张权利，而发包人对承包人又负有义务的，可以将发包人列为第三人；为了查明案件事实需要，法院也可以追加发包人为第三人；实际施工人直接以发包人为被告主张权利的，应予准许。
2、施工人挂靠其他建筑施工企业并以被挂靠单位名义签订建设工程施工合同，挂靠施工人或者被挂靠单位起诉发包人的，发包人可申请追加被挂靠单位或者挂靠施工人为第三人。发包人起诉挂靠施工人或者被挂靠单位的，可以追加被挂靠单位或挂靠施工人为共同被告。
3、转包、分包(包括违法分包)工程因工程质量引起的纠纷，如发包人只起诉承包人或者发包人只起诉实际施工人的，可依当事人的申请，将实际施工人或者承包人追加为共同被告。
4、承包人经发包人同意将工程转包的，属于合同转让即合同权利义务的概括转移。合同一经转让(转包)，承包人即退出承包合同关系，受让人(实际施工人)取得原合同当事人的法律地位，其起诉索要工程款，应当直接起诉发包人；与此相对应，发包人因工程质量问题应直接起诉实际施工人。
5、多个承包人联合共同承包的，因其均为承包合同的一方当事人，发包人提起诉讼的，承包各方应作为共同被告。
6、工程项目经理部不是适格的诉讼主体，应以设立该项目经理部的法人为诉讼主体。
二、建设工程施工合同效力的认定
《合同法》第五十二条规定了合同无效的五种情形，该条第(五)项规定了违反法律法规强制性规定的合同无效。但并非所有的强制性规范都是认定合同效力的依据，只有违反了效力性强行性规范的合同，因内容违反了社会公共利益和不特定第三人利益，才应认定为无效合同。过去我们一般是从条文使用的某个术语或者词语进行判断是管理性规范还是强行性规范，以此来认定合同的效力这是不准确的，实践中应当注意。关于建设工程施工合同的效力主要审查以下几类：
1、承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级承揽建设工程的合同无效。
2、没有资质得实际施工人使用有资质的建筑施工企业名义承揽工程的合同无效 。在这里要特别注意区分挂靠关系与建筑企业的内部承包关系。如两者之间有产权联系、有统一的财务管理、有严格而规范的人事任免和调动或聘用手续就可以认定为内部承包关系，而不认定为挂靠关系。反之，则为挂靠关系。
3、非法转包和违法分包的合同无效。
4、建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的合同无效。
5、无取得土地使用权证、无取得建筑工程规划许可证、无办理报建手续的“三无”工程的施工合同应确认无效，但在审理期间已补办手续的，应确认合同有效。
6、承包人没有承揽建设工程的资质，但具有劳务分包资质的，其与总承包人、分包人签订的劳务分包合同有效。
7、垫资施工合同不作无效认定。当事人对垫资及垫资利息有约定的，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但其约定利息计算标准不得高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率。对垫资没有约定而实际存在垫资事实的，按照工程欠款处理，对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。
三、建设工程价款的确定
1、发包人对承包人提交的决算报告逾期不予答复的处理。
《司法解释》第20条规定：“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。”实践中适用该规定特别要注意其前提条件，即当事人双方必须在合同中明确约定逾期不答复即视为认可竣工结算文件或按结算文件载明的价款结算工程价款。此时应以承包人提交的结算文件之日为应付款时间，至于工程价款未结算、工程也未交付的，因结算条件尚未成就，应按权利人向司法机关正式主张权利之日作为应付款时间。逾期利息应当在法定利率范围内(中国人民银行发布的同期同类贷款利率)，按照双方约定计付标准计算延期履行利息。如当事人在合同中只约定发包方应在承包方提交结算文件后一定期限内予以答复，并未约定逾期不答复视为认可竣工结算文件或按结算文件的价款结算工程价款，则不应适用上述规定。在司法实践中，一般的处理是：如果双方对结算不能协商一致，则可以提交鉴定单位鉴定，以鉴定结论作为判案依据。
2、合同无效但经竣工验收合格工程价款的确定。
《解释》第2条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”实践中，有的承包人并不要求参照合同约定支付工程价款，而是要求进行工程造价鉴定。此请求不予支持，在此情况下也要参照双方的合同约定来结算工程价款。在实践中适用《司法解释》第2条规定还要注意：一是工程即使未竣工，但只要已施工部分经验收合格或经修复合格的，都应参照合同约定来结算工程价款，如果依照合同无法直接计算出工程价款的，在进行造价鉴定时也应参照合同的约定。二是施工过程中因设计变更等增加工程量而发生的经济签证，对价款有约定的，从其约定；无签证或签证对价款无约定的，应当参照合同关于工程价款的约定。
3、关于非法转包、违法分包、挂靠合同工程价款的结算。
一是实际施工人与非法转包人、违法分包人明确约定以非法转包人、违法分包人与发包人之间结算价款作为双方结算依据，而在非法转包人、违法分包人与发包人之间结算后，实际施工人往往要求不以非法转包人、违法分包人与发包人之间的结算价款为依据，要据实对工程价款进行鉴定结算。在这种情况下，除非实际施工人能举证证明非法转包人、违法分包人与发包人之间的结算结果明显损害了其合法权益，则可根据实际施工人的申请，依据非法转包人、违法分包人与发包人之间的合同及相关签证对工程价款进行鉴定，并将鉴定结论作为实际施工人与非法转包人、违法分包人之间的结算依据。否则，一般应尊重当事人之间的约定。二是被挂靠单位未经挂靠施工人同意，擅自与发包人进行了工程价款结算，挂靠施工人不予认可，起诉要求被挂靠单位承担责任的，如挂靠施工人与被挂靠单位对双方之间的结算有具体约定的，按照双方约定处理；如无具体约定，挂靠施工人能举证证明被挂靠单位与发包人之间的结算明显损害其合法权益的，应对工程造价依据合同进行鉴定，并依据鉴定结论判令被挂靠单位承担相应的责任。三是非法转包、违法分包及挂靠合同约定，以非法转包人、违法分包人、被挂靠单位与发包人结算作为非法转包人、违法分包人与实际施工人之间及被挂靠单位与挂靠施工人之间结算前提的，而非法转包人、违法分包人、被挂靠单位拖延结算致使施工人不能及时获得工程款的，依据《解释》第26条的规定，实际施工人、挂靠施工人直接起诉发包人，发包人在欠付工程价款范围内承担责任；实际施工人、挂靠施工人也可将发包人与非法转包人、违法分包人、被挂靠单位作为共同被告进行起诉，当事人之间依据不同的合同关系承担相应的法律责任。
此外，在建设工程施工合同无效的情况下，工程经竣工验收合格交付发包人使用的，承包人仍应承担合同约定的工程保修义务和责任。发包人享有参照合同约定扣留一定比例的工程款作为工程质量保修金的权利。
四、违约责任的认定
实践中，在违约责任的认定和处理方面，需要注意把握好以下三个问题。
1、工期延误违约责任的认定处理。
如工程未能在合同约定的期限内竣工，发包方会要求承包方承担工期违约责任，承包方会要求发包方赔偿其停工、窝工损失。审判实践中遇到的主要问题是：承包方因发包方在施工过程中未按合同约定支付工程进度款或提供原材料、设备、场地、技术资料而主张工期顺延权，即其针对发包方的先履行抗辩权能否得到支持?依照《合同法》第283条的规定，承包人可以顺延工期，即享有工期顺延权。但是，当事人常常在合同中就上述情况约定了承包方应当办理工期顺延签证。如果在实际履行中承包方没有办理工期顺延签证怎么办?由于目前建筑市场发包方处于强势，承包方往往在施工过程中很难办到工期顺延的签证。在这种情况下，如果承包方能够举证证明其在办理签证的期限内向发包方提出了顺延工期的要求，或者其能举证证明发包方迟延支付工程款情节较为严重而影响了施工进度的，那么对其工期顺延权主张应予以支持；如果承包方不能举证证明其提出过工期顺延的要求，且发包人迟延支付工程款情节较轻并不必然导致工程进度延误的，则不认定承包方享有工期顺延权。因发包方迟延支付工程进度款而认定承包方享有工期顺延权的，一般工期顺延的期限应当顺延至发包方付清进度款之日止。对于发包方未按合同约定提供原材料、设备、场地、技术资料，承包方未按合同约定办理工期顺延签证，承包方在诉讼中主张工期顺延权的，因发包方未按合同约定提供施工所用原材料、设备、场地、技术资料，承包方就无法进行施工，必然导致工期延误，此情况下应支持承包方的工期顺延权请求。
2、工程质量责任认定的有关问题。
一是发包人与承包人对工程质量是否合格或者对导致工程质量出现问题的原因及双方责任大小有争议的，如果不能依据双方提供的证据材料予以认定，则应委托有相应鉴定资质的鉴定机构进行鉴定。二是因承包人的原因致使工程质量不符合约定的，依据《合同法》第281条的规定，发包人有权要求承包人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。承包人拒绝修理、返工、改建的，依据《司法解释》第11条的规定，发包人可以根据工程质量问题的严重程度，相应减少支付工程价款。三是因发包人提供的原材料质量不合格，或提供的设备、技术资料等不符合合同约定，从而导致工程质量不合格或质量缺陷的，则依据《司法解释》第12条规定的精神，该工程质量责任应由发包人承担，发包人不得以此为由拒付或少付工程款。同时，发包人因其过错造成承包人停工、窝工等损失的，仍应承担相应的赔偿责任。承包人对导致质量问题有过错的，也要承担相应的过错责任。四是发包人擅自使用未竣工验收的工程，承包人仍应依照合同约定承担工程保修义务和责任。对于合同无效，但竣工验收合格的工程，承包人也要依照合同约定和法律规定承担工程质量保修义务和责任。
3、约定违约金数额过高的调整。
根据《合同法》第114条第2款规定：“约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。”由于在建设工程施工合同纠纷中当事人违约行为的具体情况很复杂，因此，判断当事人在建设工程施工合同中约定的违约金是否过高，不可能有一个统一而具体的客观标准。在审判实践中，可以从以下几个方面的因素进行综合审查判定：(1)、违约金数额与当事人的实际损失之间的比例；(2)、违约金数额与合同总价款、当事人未履行价款之间的比例；(3)、当事人违约的原因及过错大小；(4)、违约金数额与违约方所获得的合同利润之间的比例；(5)、违约的时间长短。在无法确定非违约方当事人实际损失的情况下，可以根据《合同法解释(二)》的规定，如果合同约定的违约金超过了合同价款的10%，则可以确定该违约金过高，并予以适当调整。
五、工程价款优先受偿权的保护
《合同法》第286条对工程价款优先受偿权作了原则规定，最高人民法院《关于建设工程价款优先受偿权的批复》对优先受偿权的效力、限制、范围及期限作了较为具体的规定，为充分保护承包人的工程价款优先受偿权，还需要明确以下几个问题：
第一，优先受偿权的行使范围包括装饰装修工程，但不包括工程勘察和设计，但装饰装修工程的发包人不是该建筑物的所有人或者承包人与该建筑物的所有人之间没有合同关系的除外。
第二，优先受偿权担保的工程款范围，如是已竣工工程，为竣工结算价，未竣工工程则为以施工预算价为基础进行评估确定的工程价款，应当包括承包人的正常利润和为承包工程进行施工的垫资款，但不包括违约造成的损失。
第三，行使优先权的期限为六个月，此期限为除斥期间，优先受偿权的行使应以竣工之日或合同约定的竣工之日起算，而非竣工验收合格之日。
第四，优先受偿权的行使，不以建设工程是否竣工为限。
第五，优先受偿权的行使不受合同效力的影响。建设工程施工合同无效，但工程质量合格的，承包人可以依据《司法解释》第2条的规定主张工程款，故其当然享有工程价款优先受偿权。
第六，分包人或实际施工人有条件地享有优先受偿权。《司法解释》第26条第2款规定了分包人和实际施工人可以在发包人欠付工程款范围内向发包人请求支付工程款。由此可以推断出，只要分包人和实际施工人完成了其与总包人或转包人之间合同约定的施工义务且工程质量合格的，在总包人或转包人不主张或怠于主张工程价款优先受偿权的情况下，应允许分包人或实际施工人就其承建的工程部分在发包人欠付的工程款范围内向发包人主张工程价款优先受偿权。
第七，工程款债权转让后，受让人也应享有优先受偿权。
第八，不应作为工程价款优先受偿权标的的建设工程包括：消费者已交付全部或大部分购房款的商品房；被作为执行标的物并已执行完毕的建设工程；《合同法》颁布实施前，已办理抵押登记或已出售、预售的建设工程；学校、医院等公益性建设工程；党委、政府等机关单位的办公楼，道路、桥梁等公共设施；所有权已被法院生效法律文书确定转移的建设工程。
