在施工合同中，通常会有预付款的约定。尽管法律上并未明确规定具体的预付款金额，但一般按照合同价的10%左右来计算。
预付款的支付时间与方式以及扣回工程预付款的时间和比例，这三个方面一般没有强制性的规定。
具体细节，如合同签订后30日内支付预付款的50%，承包人主要人员及主要机械到位后30日内再支付50%，以及支付预付款时承包人需提供预付款保函等，主要由招标单位根据实际情况灵活掌握。
对于施工合同备案后的预付款情况，应根据具体的施工合同内容进行分析。
1.一般来说，备案的预付款金额应与合同中约定的金额一致。备案的目的在于确保合同的履行和资金的合理使用，因此，预付款的支付与扣回应遵循合同中约定的条款。
2.如果合同中没有明确约定，则应根据实际情况和招标单位的要求来确定。同时，需要注意的是，预付款的支付和扣回应遵循相关法律法规的规定，确保资金的合法性和合规性。
当施工合同备案后无效时，会产生一系列的法律后果。
1.根据最高人民法院的相关司法解释，即使合同无效，但如果建设工程经竣工验收合格，承包人仍有权参照合同约定支付工程价款。
这意味着支付的工程款不一定是实现约定的那个金额，而是根据折价补偿的原则进行处理。
2.如果建设工程经竣工验收不合格，承包人应承担修复费用。如果修复后仍不合格，则承包人无权请求支付工程价款。此外，发包人如果存在过错导致合同无效，也应承担相应的民事责任。
3.如果承包人存在非法转包、违法分包等行为导致合同无效，人民法院可以收缴当事人已经取得的非法所得。
需要注意的是，如果承包人在超越资质等级的情况下签订建设工程施工合同，但在建设工程竣工前取得相应资质等级，当事人请求按照无效合同处理的，法院不予支持。
综上所述，施工合同备案的具体情况需要严格遵循相关法律法规的规定和程序要求进行处理。对于预付款的认定和支付也应根据合同中的约定和实际情况进行灵活掌握。
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