在怀孕期间，公司不得降低员工的工资。根据《女职工劳动保护特别规定》第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
这意味着，即使员工在怀孕期间可能无法完全履行工作职责，公司也不能因此降低其工资。
虽然怀孕期间公司不能降工资，但如果员工在怀孕期间违反了公司的规章制度，公司仍有可能采取相应的处理措施。
根据相关规定，如果有以下情况的用人单位可以解除劳动合同：
1.员工在试用期间被证明不符合录用条件；
2.严重违反用人单位的规章制度；
3.严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害；
4.同时与其他用人单位建立劳动关系对本单位工作造成严重影响且拒不改正；
5.因法定情形致使劳动合同无效；
6.被依法追究刑事责任。
如果员工认为公司在怀孕期间违法降低了自己的工资，可以通过劳动仲裁的方式维护自己的权益。具体的申诉流程如下：
1.提交申请书：员工需要向劳动仲裁委员会提交书面仲裁申请书，并按照被申请人数提交副本。申请书应详细陈述申请仲裁的事实和理由，并提供相关证据。
2.仲裁受理：劳动仲裁委员会应当自收到仲裁申请之日起五日内作出受理或者不予受理的决定。
（1）如果决定受理，应当自作出决定之日起五日内将申诉书副本送达被申请人。
（2）如果被决定不予受理，劳动仲裁委员会应当说明理由。
3.开庭审理：仲裁庭应当在开庭的五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。
如果无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤诉自理，对被申请人可以做缺席裁决。
4.仲裁调解：仲裁庭在处理劳动争议时应当先行调解，即在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议。
（1）如果调解达成协议，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力；
（2）如果调解未达成协议，仲裁庭应当及时裁决。
5.仲裁裁决：仲裁庭裁决劳动争议案件应当自劳动仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。
（1）如果案情复杂需要延期，经批准可以延期并书面通知当事人，延长期限不超过十五日。仲裁庭裁决后应当制作仲裁书送达双方当事人。
（2）如果当事人对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起十五日内可以向人民法院起诉；如果期满不起诉的，裁决书即发生法律效力。
总的来说，孕妇在怀孕期间享有特殊的法律保护，公司不得随意降低其工资。如果员工认为自己的权益受到了侵害，可以通过劳动仲裁的方式维护自己的权益。
在申诉过程中，员工需要按照规定的流程提交申请书、等待仲裁受理、参加开庭审理、接受仲裁调解并最终等待仲裁裁决。
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