公司如果是违法辞退孕妇，要承担的责任是向孕妇支付赔偿金，赔偿的标准则是经济补偿标准的二倍。如果是因孕妇具有重大过错而辞退的，则只需要结清工资即可，不需要向其支付赔偿金或补偿金。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
第四十八条
用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。
第八十七条
用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
找法网提醒您，怀孕公司辞退赔偿发生纠纷的，申请劳动仲裁的流程如下：
1.被辞退员工提出仲裁的，应当从劳动争议发生之日起一年内仲裁委员会提出书面申请。
2.仲裁委员会应当自收到申诉之日起五日内作出受理或不受理的决定。受理的，应当由作出决定之日起五日内，将申请书副本送达被申请人，并组成仲裁庭，决定不予受理的，应当书面作出不予受理通知，说明不予受理的理由。被申请人应当自收到申请书副本之日起十日内提交答辩书及相关证据。被诉人没有按时提交或不提交答辩书的，不影响案件审理。
3.仲裁庭应当于开庭五日前，将开庭时间、地点的书面通知送达当事人。当事人收到书面通知，无正当理由，拒不到庭或者未经仲裁庭同意，中途退庭的，对申请人按撤诉处理，被申请人可以缺席裁决。
4.仲裁庭处理劳动争议案件，应当自组成仲裁庭之日起四十五日内结案，案情复杂确需延期的，经报仲裁委员会批准，可以适当延期，但不得超过十五日。
5.仲裁庭处理劳动争议应先行调解，调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力。
6.当事人对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起十五日内，可以向人民法院起诉，期满不起诉的，裁决书即发生法律效力。
7.当事人对发生法律效力的调解书和裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方可以申请人民法院强制执行。
怀孕期间被公司辞退的赔偿协议应包括以下内容：
1.赔偿原因：明确说明赔偿的原因，即员工怀孕期间被公司辞退的事实和相关情况。
2.赔偿金额：详细列明赔偿的金额，包括基本工资、加班工资、津贴、补贴、奖金等应发工资，以及社保基金支付的生育津贴和社保费用。
3.支付方式：明确赔偿的支付方式，包括一次性支付或分期支付等。
4.支付期限：规定赔偿的支付期限，确保员工能够及时收到赔偿款项。
5.双方权利义务：明确双方的权利和义务，包括员工和公司在此次赔偿中的权利和义务。
6.违约责任：明确违约责任和处理方式，以备双方在履行协议时出现违约情况。
7.争议解决方式：规定争议解决的方式，如协商、仲裁或诉讼等。
8.其他事项：包括协议生效时间、法律效力等其他需要说明的事项。
