企业被兼并，如果合并后的企业损害员工的合法权益的，则员工可以通过协商、申请调解、申请仲裁或者起诉的方式来维权。且在企业被兼并后，原劳动合同继续有效，劳动合同由兼并的企业继续履行。
《中华人民共和国劳动法》第七十七条
用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条
【用人单位合并或者分立】用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
找法网提醒您，企业兼并的一般流程：
1.拟定兼并协议；
2.兼并各方股东会对合并协议内容做出决议；
3.编制资产负债表和财产清单，确定各方在兼并后公司中出资比例；
4.对提出要求的债权人的债权给予清偿或提供担保；
5.公司资产、人员、机构进行整合；
6.重新制定公司章程，进行变更登记或重新登记，进行公告。
《中华人民共和国公司法》第一百七十二条
公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。
一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。
两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
找法网提醒您，企业兼并的债务负担的解决办法：可以由合并之后新成立的公司或者存续的公司解决，法律规定，公司合并的，则原来的公司债务由合并后存续或者新设立的公司承担，如果公司分立的，则原来的债务由分立之后的公司承担连带责任。
