公司恶意克扣绩效工资是违法的。
劳动者和用人单位建立劳动关系，用人单位不得非法对劳动者进行罚款，用人单位非法克扣劳动者的工资属于违法行为，企业以罚款条数来扣绩效工资是不合法的。 用人单位应当按月足额向劳动者支付工资，不得无故拖欠劳动者的工资。
绩效奖金和绩效工资的区别：
1.目的不同。绩效工资的目的在于约束，奖金的目的在于激励。
2.权重比例不同。绩效工资的权重一般占 “基本工资”的20%到几倍不等。而奖金一般无权重比例限制，上不封顶，一般视企业业绩或效益而定。
3.要项构成不同。绩效工资是常规项目，奖金是非常规项目。
4. 挂钩侧重不同。绩效工资更多与个人绩效表现关联，直接受个人绩效表现波动的影响;而奖金意在牵引员工关注企业的整体业绩表现，主要受企业整体业绩表现的影响。
绩效工资被扣劳动仲裁有用。找法网提醒您，劳动仲裁对于劳动者来说，需要提交的资料有：
1.本人身份证的原件及复印件；
2.企业的基本资料，需要到工商局注册打印；
3.劳动合同；
4.填写劳动仲裁申请书，说明劳动者认为克扣了工资的理由。只需要说明，不需要举证的，是否克扣工资是应当由单位证明的。
