加班时间违反劳动法的处理是：如果严重超时加班，员工可以向当地劳动监察部门投诉解决，要求立案处理。由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可以处以罚款。用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
根据我国相关法律规定，我国实施的是八小时工作制，劳动者每日工作的时间不超过八小时，用人单位安排劳动者延长工时超过八小时的，超过部分算加班时间，应当向劳动者支付不低于其正常工资的一点五倍的加班工资，如果实在休息日，需要支付不低于正常工资两倍的加班工资。
法律规定员工不得拒绝加班的情形如下：
1.发生自然灾害、事故或者其他原因，使人民的安全健康和国家财产遭到严重威胁，需要紧急处理的。
2.必须利用法定节日或公休假日的停产期间进行设备检修、保养的。
3.生产设备、交通运输路线、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的。
4.为完成国防紧急任务，或者完成上级在国家计划内安排的其他紧急生产任务，以及商业、供销企业在旺季完成收购、运输、加工农副产品紧急任务的。
在上述几种特殊情况下，用人单位组织职工延长工作时间可以不受法律规定的条件限制，但用人单位应当按照法律规定的标准支付延长工作时间的工资。
找法网提醒您，加班费应当扣税。加班费属于员工正常的薪资，并不属于国家统一规定的免税项目，所以加班费应当计入个税起征点，即并入当月的工薪收入的个人所得税，进行依法纳税。
《个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
