年终奖扣税的两种计算公式：
一种是，如果雇员当月工资薪金所得高于(或等于)税法规定的费用扣除额的。
适用公式为：应纳税额等于雇员当月取得全年一次性奖金乘以适用税率减速算扣除数;
另一种情况是，如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的。
适用公式为：应纳税额等于(雇员当月取得全年一次性奖金减雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额)乘以适用税率减速算扣除数。
1.发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
2.当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
找法网提醒，年终奖是属于工资收入。工资总额由下列六个部分组成：津贴和补贴；奖金；加班加点工资；计时工资；计件工资；特殊情况下支付的工资。工资总额是指各单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额。年终奖是指每年度末企业给予员工不封顶的奖励，是对一年来的工作业绩的肯定。
《国家统计局关于工资总额组成的规定》第四条 工资总额由下列六个部分组成：
（一）计时工资；
（二）计件工资；
（三）奖金；
（四）津贴和补贴；
（五）加班加点工资；
（六）特殊情况下支付的工资。
