违反公司制度罚款不可以在工资中扣除，员工违反规章制度是不可以扣工资的。根据法律规定，用人单位不可以随意克扣员工的工资。但是用人单位可以指定规章，在员工存在过错时酌情扣减其绩效工资。
找法网提醒您，根据《工资支付暂行条例》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
公司扣员工工资的举报方式是劳动者可以向劳动保障监察部门举报，由劳动保障行政部门责令用人单位支付工资。
并且拖欠工资属于民事纠纷，劳动者也可以向人民法院提起民事诉讼，维护自己的权利。
《劳动保障监察条例》第三十六条第一款第一项规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；
逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
关于事假，劳动法规定请假扣工资标准是这样的：
1. 任何请事假的员工在本月将没有全勤奖金;
2. 经公司批准员工可以休不带薪事假，但一年至多不可超过十个工作日;超过5天的事假必须提前一周提出;
3. 如果员工事假超过公司规定最大期限以至于影响到公司正常工作公司将视其自动离职。
4. 薪金扣除公式为(基本工资+补贴)÷21.75×事假天数。
