旷工三天的处理如下：
1.我国劳动合同法中对旷工三天能不能辞退并没有明确的规定，如果公司制度中有该规定，旷工三天是属于严重违约制度的，可以进行辞退。
2.根据国务院《企业职工奖惩条例》第十八条的规定，职工无正当理由经常旷工，经批评教育无效。连续旷工时间超过十五天，或者一年以内累计旷工时间超过三十天的，企业有权予以除名。
旷工三天自动离职有工资。不论劳动者以何种方式离职，单位都必须发放给劳动者他应得的工资，单位不得随意克扣。不过如果劳动者的旷工行为给单位造成损失的，单位可以要求劳动者对此进行赔偿。找法网提醒您，如果是单位因为劳动者是旷工自动离职而不发工资的，劳动者可以到当地的劳动监察部门投诉单位，或者可以申请劳动仲裁。
1.员工按照公司的规定自动办理离职手续，若是给用人单位造成损失的，用人单位可基于法律规定要求劳动者赔偿损失。
2.用人单位方在确认员工未按规定履行请假手续而擅自离岗且无正当理由的，用人单位基于劳动者这一事实行为作出解除劳动合同的决定的，则需进行以下流程：
(1) 应通过各种渠道联系员工上班，如准备通知信寄往员工的任何地址，保留签收证据，最好使用挂号信。
(2)结清员工工资，并办理好社保手续。
(3)保留好员工所有的档案及相关资料，如完备的考勤表。
