建设工程施工合同纠纷原因有以下内容：
1.合同条款不全、约定不明确
2.缺乏法律意识、合同意识
3.订立合同的形式不恰当
4.当事人一方利用自身优势强迫对方接受一些较苛刻条件
建设工程施工合同纠纷的诉讼时效是三年，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。找法网提醒你，诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
建设工程施工合同无效的情形：
1.承包人未取得建设工程施工单位资质或者超越资质等级；
2.没有资质或没有相应资质的实际施工人借用有资质的建筑施工单位名义的；
3.必须招标的未进行招投标或中标无效；
4.违法分包、转包的。
【法律依据】
《中华人民共和国建筑法》第二十二条规定，建筑工程实行招标发包的，发包单位应当将建筑工程发包给依法中标的承包单位。建筑工程实行直接发包的，发包单位应当将建筑工程发包给具有相应资质条件的承包单位。
