根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）文件的规定：“《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第二条第一款规定‘纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算’。计算扣除项目时‘每年’按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。”
计算土地增值税的公式为：应纳土地增值税=增值额×税率
1、公式中的“增值额”为纳税人转让房地产所取得的收入减除扣除项目金额后的余额。
纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入。
计算增值额的扣除项目：
（1）取得土地使用权所支付的金额;
（2）开发土地的成本、费用;
（3）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格;
（4）与转让房地产有关的税金;
（5）财政部规定的其他扣除项目。
第一，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定：“计算增值额的扣除项目”：
（一）取得土地使用权所支付的金额;
（二）开发土地的成本、费用;
（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格;
（四）与转让房地产有关的税金;
（五）财政部规定的其他扣除项目。”
第二，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定：“条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。
基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
（三）开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。
财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的5%以内计算扣除。
凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的10%以内计算扣除。
上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。
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