1、发放年终奖的当月工资高于3500元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
2、当月工资低于3500元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(3500-月工资))*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(3500-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
由于单位发放给员工的年终奖形式不同，个人所得税计算方法也不尽相同。
网上申报当月工资薪金和年终奖的个税，同一个人应同时录入两条申报记录，所得项目为“正常工资薪金”和“全年一次性奖金收入”，分别填列对应的“收入额”等项目进行申报。进行年终奖申报个税时需要注意以下几点：
1、进行“年度奖金”申报时，必须填写“当月发放工资金额”，该数字是作为判断年度奖金计算的依据。如果实际当月有发放工资但在进行“年度奖金”申报的时候不填写或填写“正常月薪收入”为0的，则会导致年度奖金税额计算错误造成少缴税款。
2、“年度奖金”申报仅计算年度奖金收入的税额，不包括正常月薪收入税额计算。如果当月申报的收入包括正常月薪收入和年度奖金的，则正常月薪收入应另行按“正常月薪收入”进行申报。
3、“年度奖金”申报中所填写的人员“当月发放工资金额”应和“正常月薪收入”申报中填写的金额一致。
《国家税务总局关于明确个人所得税若干政策执行问题的通知》(国税发〔2009〕121号)规定，国税函[2002]629号第一条有关“双薪制”计税方法停止执行(即：已取消年底双薪的单独计税办法)。 个人取得年底双薪，如果其单位没有发放全年一次性奖金，可以按照全年一次性资金计税办法计税。 如果其单位既有年底双薪，又有全年一次性奖金，并且二者在同一个月内发放，可以将年底双薪与全年一次性奖金合并，统一执行《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》(国税发〔2005〕9号)，如果二者不在同一个月份内发放，应将年底双薪并入当月工资、薪金，统一计算个人所得税。
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