首先，绩效工资可能对雇员产生负面影响。有时候，绩效工资的使用会影响“暂时性”劣绩员工的情绪，甚至会将其淘汰，而这种淘汰会引发企业管理成本的大幅上扬。
其次，绩效工资的效果受外界诸多因素制约。如某年的夏天极其凉爽，必然会影响冷饮的销售，这种因素是难以事先预料的。这种情况下，被考核者会产生“企业不近人情”的感觉。
其三，绩效工资的评判标准必须得到劳资双方的认可。要得到双方的共同认可，并非轻而易举。假如未被员工认可，绩效工资就不能起到奖优罚劣的作用。
其四，员工对绩效工资具体方案的真正满意度。事实上，目前真正达到“重赏勇夫”的具体方案实在太少。许多时候，员工对绩效工资的目标可能存有不同见解，这会影响到员工的潜力发挥。
其五，社会及竞争对手的影响。当一家企业辛辛苦苦构筑起企业内部绩效工资时，很可能一夜间就被竞争对手的“反击竞争策略”所击垮，比如在对手更优厚的条件前，企业为留住员工只能作出让步。 因此，有关专家提出，完善绩效工资必须做到以下几点：1、必须有精确测量业绩的方法和手段；2、至少从理论上能证明所采取的绩效工资方案将对员工产生举足轻重的影响；3、必须清晰地表述绩效工资与工资间的函数关系；4、对绩优员工能提供改善和提升的机会。
总之，绩效工资在使用过程中必须慎之又慎。换句话，只有解决了上述困惑之后，企业才能使用绩效工资。否则，对企业而言，可能是搬起石头砸自己的脚。
