近年来，在农村土地承包制不断完善的同时，农业承包纠纷案件却呈逐年上升趋势。通过对农业承包合同纠纷案件进行调查分析后发现，农业承包合同纠纷产生的原因主要有以下几个方面：
一、土地承包合同不完善
1、 合同的形式要件不规范，合同条款不具体、不完善、不科学。农村承包合同一般要订立书面合同。但是由于合同双方当事人的文化知识水平和实践经验有限，有相当一部分合同条款不全，权利义务约定不明确，从而引发纠纷;有的只是个别村干部口头说了算，没有书面合同;有的村干部或承包户不把合同当回事，随手丢弃，一旦发生纠纷，无据可查。
2、合同的实质内容不明确：一是标的不明确。如土地、果园、荒坡的四至不明，建房筑路、添置灌溉设施、架设电路等权利义务关系未予明确。二是承包基数及交款办法掌握不好。发包前未作充分的可行性论证，凭着少数人的粗浅体会，或对市场的变化因素估量不足，合同中确定的基数往往过高或过低，高者可能影响承包者的生产积极性，导致合同难以全面履行;低者易引起“红眼病”，总想提高基数或提前终止合同。三是违约条款约定不合法。如约定违约金的数额不合法，常常为了避免风险强调责任，把它确定得高出因违约给对方造成的直接经济损失的数倍甚至几十倍，使此种违约金约定成为一纸空文。
3、发包程序不够透明。当前，个别地方的个别农村干部或以权谋私、仗权承包，或优亲厚友、暗中入股，或秘密签约、压价承包，他们无视“集体资产、集体受益”的原则，对集体经济组织的资产不经群众民主讨论即擅自发包，激化了群众与干群之间的矛盾，致使合同无效。
二、发包方的盲目与随意性
如忽视土地、山地的综合利用效益;有的发包方对外地承包者的经营能力，资金状况缺乏必要的了解和审查，使一些既无技术又无资金的人轻易获得承包经营权，承包后又无法经营，造成很大的经济损失。另外，由于发包人的变动，单方变更或解除合同，特别是合同承包费增加，在合同纠纷案件中占有相当大比例。
三、承包方生产的破坏性及合同的随意转让
个别承包人在承包期间，为了追求个人经济利益，无视对自然资源的保护和合理利用，进行破坏性生产，危及农村的集体经济，破坏了土地资源。也有部分承包人在合同履行过程中，随意将自己的承包权放弃，转让或转包。有的承包人未经发包人同意单方面转让、转包;有的转让、转包后改变了原承包合同的内容，将粮田挖池养鱼等;有的转让、转包后，原承包人没有及时签订第二份合同，使转让、转包无效;有的高价转让、转包，从中渔利。
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