关于解除劳动合同，经济补偿金的的问题！
更新时间：2018-04-04 12:25:52
问题描述：
工作地点: 广东佛山南海区
本人2015年入职该公司，当时
合同签的时间是3年，也就是今年8月到期。今年将是入职的第三年，目前每月工资5000。3月底，公司人事约谈我，说提前跟我解除
劳动关系，解除理由为：无法胜任工作要求。
现有关问题如下：
1、公司每年年底给员工发放两次奖金：年终奖和经济补偿金，分次打入员工工资卡。年终奖=3个月工资、经济补偿金=1月工资；
2、人事约谈我后给了我一份解除劳动关系的通知，说是按劳动法规则的方式给于我赔偿（N+1），也就是3个月工资+1个月代通知金。但是人事说公司在2015年和2016年度分别已经给我发过两笔补偿金了，所以要减去前面已发，最后通知上写的是5000+代通知金5000，总赔偿金额为10000元。
3、我问为什么要扣除前面已发的。他说劳动合同上最后一页有公司附加的《变更劳动合同协议》一项，还给我拿了最新的劳动合同样板，内容为：
甲乙双方经平等协商，一致统一对本合同作以下变更：本人同意通过银行转账方式，每年领取当年度劳动合同规定的经济补偿，自查收后十日内不提出书面异议，即为本人已经认可当年度的劳动合同经济补偿金额，今后不再以任何方式重复追索。
当天晚上我回宿舍找回我之前签的纸质合同，在合同中并未看到有这条，所以我觉得当时签的那一份跟人事提供给的最新合同版本可能不一样，并未包含关于每年年底发放的补偿金的相关说明。
我的疑问如下：
1、人事提到的本次赔偿的补偿金要扣除前面已发的两次补偿金是否合理？
2、如果按解除员工劳动关系前12个月的月平均收入的方式来计算补偿金，请问包不包含上一年的年终奖在内。比如我月薪是5000，正确的计算方式应该是5000*12个月/12个月，还是5000*12个月+15000（年终奖）/12个月。
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