自从建设部颁布《城市房地产抵押管理办法》以后，有许多在建工程已经进行了抵押，登记机关也为之进行了抵押权登记，从而使这些工程项目能及时地获得继续建造所需的资金。允许以在建工程设定抵押，对促进经济的发展无疑有着一定的积极意义。用以抵押的在建工程中，大部分属于房地产开发企业在建的商品房。这类在建工程抵押以后，极易损害抵押权人和购房者的合法权益，也会增加权属登记机关在工作中的风险。因而，登记机关应当慎重办理在建商品房抵押登记手续。
在建的商品房办理在建工程抵押登记，主要问题有以下几个方面：
一、不易保障抵押权的实现。我国合同法第二百八十六条规定：“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人……可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿”。这种优先受偿的权利是法律的直接规定，而并非由当事人自行设定。按民法物权优于债权的原理，承包人的这种受偿权不能优于物权，即不能先于抵押权人受偿。但是，由于承包人在事实上占有着在建工程，而且工程款的一个主要组成部分是建筑工人的工资。由于其它相关法律的规定以及考虑到社会的安定，在司法实践中，工程款往往能优先受偿。2002年 6月20日，最高人民法院公布了《关于建设工程价款优先受偿问题的批复》。该批复第一条规定：“人民法院在审理房地产纠纷案件和办理执行案件中，应当依照《中华人民共和国合同法》第二百八十六条的规定，认定建筑工程的承包人的优先受偿权优于抵押权和其他债权”。
因此，当工程款的这种优先受偿权与在建工程抵押权共同存在时，则会以抵押权人的权益受损而告终。而且，问题还在于工程款的这种优先受偿的权利并不进行登记，不向社会公示，第三人难以知道，不易事先规避。
二、增加消费者买房的风险。消费者的风险来自两个方面：
1、房地产开发企业以在建的商品房作为在建工程进行抵押时，绝大多数已经领取了商品房预销售许可证。因此，房地产开发企业已经可以合法地将在建的商品房进行预售。这样，开发企业一方面可以从商品房的预售中收回资金，还可以用在建工程进行抵押取得贷款，《担保法》虽然规定了转让抵押物的价款应提前清偿所担保的债权或者由约定的第三人提存，但是，遵守这些规定必须以开发商自觉守法为前提。此外，在基本建设项目中，建设施工单位垫资的现象已十分普遍。开发企业以在建的商品房作为在建工程进行抵押时，实际上已从建设施工单位获得了一部分资金。在我国南方的一些城市，已经出现商品房预售款、施工单位垫资款和在建工程抵押所得的贷款三项相加超过了全部商品房价值的现象。这一现象的出现，给一些不法的开发商进行恶意欺诈提供了机会。为考虑保护消费者的权益，最高人民法院在《关于建设工程价款优先受偿问题的批复》中规定了“消费者交付商品房的全部或者大部分款项后，承包人就该商品房享有的工程价款优先受偿权不得对抗买受人”。但是这仅能解决工程款的优先受偿问题，而无法顾及抵押问题。
2、因为商品房不同于其它房屋的一个特点就是用于销售。商品房作为在建工程进行抵押以后，开发商并不停止商品房的预售，否则，开发商将无从还贷。在建工程作为抵押物抵押以后，按《担保法》第四十九条的规定，在转让抵押物时，除通知抵押权人外，还应当将已抵押的情况告知买房人。由于抵押权所具有的追及效力，倘若开发”商不履行贷款合同，则银行行使抵押权时，必将祸及无辜的购房者，购房者即便已付清了房款，也无法取得该房的所有权，在我国建立预告登记制度以前，购房者只能作为普通的债权人向开发商要求赔偿，并无法优先受偿。如果开发商不将已抵押的情况告知买房人，即向购房者隐瞒在建工程已经进行抵押的事实，那对于购房者来说将更为麻烦，因为按《担保法》第四十九条规定，购房合同可能是无效的合同，能否返还购房款，则会成为问题。
三、房地产权属登记机关在登记中的风险大大增加。开发企业以在建的商品房作为在建工程进行抵押时，绝大多数已经领取了商品房预销售许可证。因此，房地产开发企业或多或少地已经将一部分在建的商品房进行了预售。这就产生了以下三个问题：
1、在建的商品房作为在建工程进行抵押时，已经预售的部分能否作为抵押物?一方面：开发商在签订了转移包括抵押物在内的房屋合同以后，开发商应当以这一合同所生之债来约束自己的行为，不能再将在建的商品房作为抵押物，否则将在事实上损害购房者的权益；但从另一方面看，将在建的商品房作为在建工程进行抵押时，已经预售的部分作为“物”的所有权
并未转移，预购人和开发商之间只是一种债的关系 (更为直观的是：预售的房屋也有可能是在该工程施工尚未达到的楼层，即除了土地使用权以外，抵押的物尚未存在，显然不属于抵押的范围)，不能以此为理由禁止开发商在其所有的物上设定抵押权。这一问题的实质是在同一物上是否可以同时设定债权和他物权。而我国现行法律对此则尚无明确的禁止性规定。因此，已经预售的部分能否作为抵押物，极易产生争议。[page]
2、无论已经预售的商品房能否作为抵押物，权属登记机关在办理在建工程抵押时均有查明事实的过程，但是，对于开发商申报的情况，权属登记机关难以核实。《城市房地产管理法》规定：商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案。这种登记备案制度很大程度上要求开发企业遵守房地产管理法的这一规定，及时地办理登记备案手续。只有开发企业及时办理了登记备案手续，房地产管理部门方能判别在建商品房进行抵押时，该房屋是否已经预售。这就意味着当开发企业将在建的商品房作为在建工程进行抵押时，登记机关难以准确无误地判断申报情况的真实性。
