土地确权时，若农田亩数存在争议，双方当事人可以通过多种途径来解决。可以尝试进行协商，通过友好的方式达成一致意见。
1.如果协商无果，或者双方不愿意进行协商，那么可以请求村民委员会、乡镇人民政府等调解机构进行调解。
2.当协商和调解都无法解决争议时，根据《土地管理法》第十四条的规定，当事人可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院起诉。
需要注意的是，在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方都不得改变土地利用现状，以免加剧争议或造成不必要的损失。
找法网提醒，土地确权纠纷的起诉流程相对复杂，但按照法定程序进行，可以确保双方的权益得到公正处理。
1.原告需要提交起诉书，并按照对方当事人人数提交相应份数的副本。起诉书中应详细写明双方的姓名、性别、年龄、籍贯、住址等基本信息，以及请求事项、起诉事实和理由等内容。
2.原告需要根据“谁主张谁举证”的原则，向法院提交相关证据材料，包括但不限于原告主体资格的材料、证明原告诉讼主张的证据等。
3.立案庭会在收到起诉材料后七天内，对符合立案条件的案件办理立案手续；对不符合立案条件的，依法裁定不予受理。原告应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用。
4.案件将由法院排期开庭，原告应服从法院的各项工作安排，并在结案后到财务室结算诉讼费用。如果判决结果不满意，还可以依法提起上诉。
