当公司员工违反保密协议时，处理方式主要有以下几种：
1.员工需承担民事责任，根据保密协议赔偿违约金。这是对员工违反保密协议最基本的处理措施，用以确保公司的利益不受损害。
2.如果违反保密协议侵犯了单位的商业秘密，并给用人单位造成了损失，员工还需承担赔偿的责任。这包括了对因泄密造成的实际损失进行赔偿。
3.如果违反保密协议的行为情节严重，可能构成侵犯商业秘密罪，那么员工还需承担刑事责任。这意味着员工可能会面临法律的制裁，包括刑事处罚。
4.在处理员工违反保密协议的过程中，我们还需要引用相关的法律依据。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条和《中华人民共和国刑法》第二百一十九条，我们可以找到对员工违反保密协议行为的明确规定和处理措施。
保密协议是确保公司商业秘密安全的重要手段。在制定保密协议时，我们需要明确保密信息的内容和范围，以及承担保密义务的主体。
1.保密信息范围应该明确具体，包括需要保密的对象、范围、内容和期限等。最好通过列举的方式列明所有需要保密的内容，以避免因约定不明而引发的诉讼纠纷。
2.随着企业和业务的发展，保密范围和内容可能会发生变化，因此用人单位应及时修改保密协议内容。
3.保密主体应该明确界定。一般来说，商业秘密的保密主体仅限于涉密岗位的劳动者。这些劳动者在签订保密协议时，应明确其不得披露、赠与、转让、销毁或者协助第三人侵犯公司的商业秘密。
4.那些在工作中有意或无意获悉公司秘密的其他劳动者，以及掌握了商业秘密的劳动者家属、朋友等，也应该被纳入保密主体的范围，并承担相应的保密责任。
在保密协议中，我们需要明确约定违约责任和期限规定。这有助于确保员工在违反保密协议时能够承担相应的责任，并为公司提供有效的法律保障。
1.保密协议中可以约定违约金。
（1）虽然根据《劳动合同法》的规定，保密协议中不得直接设定违约金，但我们可以约定违反保密义务的赔偿内容以及计算赔偿数额的方式。
（2）这样，在员工违反保密协议时，公司可以依据约定要求员工支付相应的赔偿金。
2.保密协议中应明确约定保密期限。
（1）虽然法律规定劳动者保守秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但为了避免不必要的纠纷，我们仍然建议约定保密义务的起止时间。
（2）这有助于明确员工在离职后仍需保守公司商业秘密的时间范围。
3.在保密协议中还可以约定竞业限制条款。
（1）虽然竞业限制条款并非必须约定，但它可以作为商业秘密的有力保护伞。
（2）在约定竞业限制条款时，我们必须明确约定竞业限制的期限和义务、经济补偿标准、经济补偿的支付时间以及条款解除的条件等。
（3）这有助于确保公司在员工离职后仍能够保持商业秘密的安全性。
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