在实际的施工场景中，如果实际施工人通过挂靠方式进行施工，那么他们与被挂靠单位之间的施工合同会被视为无效。
如果工程已经竣工并且验收合格，那么实际施工人是有权主张工程款的。这表明，工程款并不属于被挂靠单位。
根据法律规定，如果承包人未取得建筑业企业资质或者超越资质等级，或者无资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义进行施工，或者建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效，那么施工合同将被认定为无效。
尽管合同无效，如果工程质量合格，一方当事人可以请求参照实际履行的合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
因此，从这些规定中我们可以得出结论：工程款可以不经过挂靠公司。
对于工程款的归属问题，主要依据是施工合同的实际情况。
如果实际施工人与发包人之间存在有效的施工合同关系，并且工程已经竣工验收合格，那么实际施工人有权获得工程款。这部分款项并不属于被挂靠单位。
同时，我们需要注意的是，如果被挂靠单位收到发包人的工程款，挂靠者可以在被挂靠者已收工程款的范围内要求给付。
如果被挂靠单位未收到发包人的工程款，挂靠者则不能要求被挂靠者给付工程款。
因此，工程款的归属主要是基于施工合同的实际情况以及款项的流向来判断，而不是直接归属于挂靠公司。
在处理挂靠工程款纠纷时，我们需要考虑多个因素。
我们要明确被挂靠单位是否已经收到了发包人的工程款。
如果被挂靠单位已经收到了款项，那么挂靠者有权要求被挂靠者支付相应的款项。
如果被挂靠单位未收到款项，挂靠者则不能要求其支付。
如果存在因发包方原因导致挂靠者未能及时收取相应获得的工程款的情况，挂靠者可以向被挂靠者提出索赔。但具体的处理方式还需要根据实际情况进行判断和选择。
综上所述，对于挂靠工程款纠纷的处理，我们首先需要明确被挂靠单位是否已收到款项，然后根据实际情况选择合适的处理方式。
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