农村土地征收由国务院自然资源主管部门管，也有可能归省、自治区、直辖市人民政府管。具体可以结合以下法律规范确定：
找法网提醒您，根据《土地管理法》第五条国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作。
县级以上地方人民政府自然资源主管部门的设置及其职责，由省、自治区、直辖市人民政府根据国务院有关规定确定。
第四十六条征收下列土地的，由国务院批准：
(一)永久基本农田;
(二)永久基本农田以外的耕地超过三十五公顷的;
(三)其他土地超过七十公顷的。
征收前款规定以外的土地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。
征收农用地的，应当依照本法第四十四条的规定先行办理农用地转用审批。其中，经国务院批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批;经省、自治区、直辖市人民政府在征地批准权限内批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批，超过征地批准权限的，应当依照本条第一款的规定另行办理征地审批。
土地征收补偿的计算方式是：
1.土地补偿费=被征地亩数×年产值×补偿倍数；
2.安置补助费=需要安置的人数×年产值×补偿倍数；
3.青苗补偿费=年产值÷耕种季数。
《土地管理法》第四十八条征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。
征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。
征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。
县级以上地方人民政府应当将被征地农民纳入相应的养老等社会保障体系。被征地农民的社会保障费用主要用于符合条件的被征地农民的养老保险等社会保险缴费补贴。被征地农民社会保障费用的筹集、管理和使用办法，由省、自治区、直辖市制定。
农村土地征收的合法性争议主要是征收的程序。
可以通过征地程序是否正规确定。合法土地征收程序是：提出用地申请、拟定征收土地的方案、报送同级人民政府审核，以书面形式公告、根据征用土地方案和征地补偿登记情况拟定征地补偿、安置方案，发布公告、落实征地补偿与安置资金，交付土地。
