经济适用房的房产证与商品房房产证在本质上没有太大区别，但如果是经济适用房与商品房的区别如下：
1.建设目的不同。经济适用房的目的是解决低收入家庭的住房困难，商品房的目的是盈利；
2.定价不同。经济适用房的价格会受到政府政策的引导，而商品房的价格一般由开发商自己决定；
3.购房资格不同。经济适用房要经过审查，商品房不用；
4.产权限制不同。经济适用房的产权会受限，而商品房不受限。
经济适用房一般是5年以后才能办理房产证，具体要看各地政府的政策。
找法网提醒您，根据《经济适用房管理办法》第三十条经济适用住房购房人拥有有限产权。购买经济适用住房不满5年，不得直接上市交易，购房人因特殊原因确需转让经济适用住房的，由政府按照原价格并考虑折旧和物价水平等因素进行回购。
购买经济适用住房满5年，购房人上市转让经济适用住房的，应按照届时同地段普通商品住房与经济适用住房差价的一定比例向政府交纳土地收益等相关价款，具体交纳比例由市、县人民政府确定，政府可优先回购；购房人也可以按照政府所定的标准向政府交纳土地收益等相关价款后，取得完全产权。
经济适用房办房产证需要材料：
1.房屋购销合同原件及补充合同原件。
2.商品房销售统一发票原件。
3.房屋的外业测绘调查表及分层分户平面图原件。
4.完税凭证。
5.购房人已婚：双方身份证原件、复印件；婚姻证明原件、复印件；双方任何一方不能到场办理，则需提供私章，若委托第三方代办则需同时提供夫妻双方私章。购房人单身：身份证原件、复印件；户口簿或户籍证明原件、复印件；单身声明。
