公司章程和合伙人协议的区别如下：
1.法定性不一样。
公司章程依法是必须制定的；
而股东合伙协议则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。
2.约束的对象不同。
股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力；
而章程则是对公司、股东监事、高级管理人员具有约束力。
3.隐私保护程度不同。
股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性；
但在公司章程里备案的股东姓名、名称及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者。
4.约定的内容不一样。
公司章程主要的内容是应当载明下列事项：
(1)公司名称和住所；
(2)公司经营范围；
(3)公司注册资本；
(4)股东的姓名、名称；
(5)公司法定代表人等等。
合伙协议的内容主要就是针对股东如何设立公司、设立公司的主营范围、公司经营期限、股东如何分红等事情。
公司章程可以修改。但是修改公司章程，需要经股东会或股东大会的股东以三分之二的多数表决通过，并且需要在变更决议或决定作出后，及时向公司登记机关申请变更登记。
找法网提醒您，根据《公司法》第十二条 【经营范围】公司的经营范围由公司章程规定，并依法登记。公司可以修改公司章程，改变经营范围，但是应当办理变更登记。
合伙协议与公司章程不一致时，先有合伙协议，再有公司章程。公司章程是有备案的，在工商局可以对外查询。而合伙协议是内部协议，不可对外披露。具体如下：
1.合伙协议依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立；
2.订立合伙协议、设立合伙企业，应当遵循自愿、平等、公平、诚实信用原则；
3.合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税；
4.合伙企业及其合伙人必须遵守法律、行政法规，遵守社会公德、商业道德，承担社会责任；
5.如果涉及股东之外的问题，则往往以公司章程为准，公司章程有约束力。公司章程是在公司登记部门备案的，具有对外公示效力。而股东内部合作协议，是协议主体之间签署的文件，是内部协议，不向外披露，只在签署协议的主体之间有效，不具有对外对抗效力；
6.如果涉及股东内部的问题，则需要看公司章程和合伙协议签署时间，以签署更晚的为准。涉及到股东内部问题，公司章程和合伙协议都对冲突事件有约束力，一般要看公司章程和股东内部合作协议哪一份文件签署的时间更晚，以更晚的那份文件为准。
