1.法定性不一样，公司章程依法是必须制定的;而股东合伙协议，则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。
2.约束的对象不同。股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力;而章程则是对公司、股东监事、高级管理人员具有约束力。
3.隐私保护程度不同。 股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性;但在公司章程里备案的股东姓名、名称及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者。
4.约定的内容不一样。合伙协议的内容主要就是针对股东如何设立公司、设立公司的主营范围、公司经营期限、股东如何分红等事情。
找法网提醒您，制定公司章程时有如下主要内容：
1.公司名称和住所、经营范围、注册资本、股东的姓名或者名称、股东的出资等；
2.公司的机构及其产生办法、职权、议事规则、法定代表人；
3.股东会会议认为需要规定的其他事项。
《公司法》第二十五条有限责任公司章程应当载明下列事项：
（一）公司名称和住所；
（二）公司经营范围；
（三）公司注册资本；
（四）股东的姓名或者名称；
（五）股东的出资方式、出资额和出资时间；
（六）公司的机构及其产生办法、职权、议事规则；
（七）公司法定代表人；
（八）股东会会议认为需要规定的其他事项。股东应当在公司章程上签名、盖章。
公司章程可以修改。但是修改公司章程，需要经股东会或股东大会的股东以三分之二的多数表决通过，并且需要在变更决议或决定作出后，及时向公司登记机关申请变更登记。
《公司法》第十二条 【经营范围】公司的经营范围由公司章程规定，并依法登记。公司可以修改公司章程，改变经营范围，但是应当办理变更登记。
