合伙协议和公司章程不一致的办理是按照生效时间先后决定。合伙协议依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立。合伙协议成立在先的，应当适用公司章程；公司章程成立在先的，应当适用合伙协议。
《中华人民共和国公司法》第十九条【党组织】在公司中，根据中国共产党章程的规定，设立中国共产党的组织，开展党的活动。公司应当为党组织的活动提供必要条件。
1.法定性不一样，公司章程依法是必须制定的;而股东合伙协议，则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。
2.约束的对象不同。股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力;而章程则是对公司、股东监事、高级管理人员具有约束力。
3.隐私保护程度不同。股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性;但在公司章程里备案的股东姓名、名称及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者。
4.约定的内容不一样。公司章程主要的内容是应当载明下列事项：公司名称?和住所;公司经营范围;公司注册资本;股东的姓名、名称;公司法定代表人等等。合伙协议的内容主要就是针对股东如何设立公司等事情。
找法网提醒，合伙协议的必备条款应包括：
1.合伙企业的名称和主要经营场所的地点；
2.合伙目的和合伙经营范围；
3.合伙人的姓名或者名称、住所；
4.合伙人的出资方式、数额和缴付期限；
5.利润分配、亏损分担方式；
6.合伙事务的执行；
7.入伙与退伙；
8.争议解决办法；
9.合伙企业的解散与清算；
10.违约责任。
