医疗机构发生二级医疗事故，应该按照医疗费、误工费、住院伙食补助费、残疾用具费、残疾生活补助费等项目和标准进行赔偿。其中残疾生活补助费是指医疗机构根据患者伤残等级，按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算，自定残之月起最长赔偿30年，60周岁以上的不超过15年，70周岁以上的不超过5年。
《医疗事故处理条例》第五十条
医疗事故赔偿，按照下列项目和标准计算：
（一）医疗费：按照医疗事故对患者造成的人身损害进行治疗所发生的医疗费用计算，凭据支付，但不包括原发病医疗费用。结案后确实需要继续治疗的，按照基本医疗费用支付。
（二）误工费：患者有固定收入的，按照本人因误工减少的固定收入计算，对收入高于医疗事故发生地上一年度职工年平均工资３倍以上的，按照３倍计算；无固定收入的，按照医疗事故发生地上一年度职工年平均工资计算。
（三）住院伙食补助费：按照医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准计算。
（四）陪护费：患者住院期间需要专人陪护的，按照医疗事故发生地上一年度职工年平均工资计算。
（五）残疾生活补助费：根据伤残等级，按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算，自定残之月起最长赔偿３０年；但是，６０周岁以上的，不超过１５年；７０周岁以上的，不超过５年。
（六）残疾用具费：因残疾需要配置补偿功能器具的，凭医疗机构证明，按照普及型器具的费用计算。
（七）丧葬费：按照医疗事故发生地规定的丧葬费补助标准计算。
（八）被扶养人生活费：以死者生前或者残疾者丧失劳动能力前实际扶养且没有劳动能力的人为限，按照其户籍所在地或者居所地居民最低生活保障标准计算。对不满１６周岁的，扶养到１６周岁。对年满１６周岁但无劳动能力的，扶养２０年；但是，６０周岁以上的，不超过１５年；７０周岁以上的，不超过５年。
（九）交通费：按照患者实际必需的交通费用计算，凭据支付。
（十）住宿费：按照医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差住宿补助标准计算，凭据支付。
（十一）精神损害抚慰金：按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算。造成患者死亡的，赔偿年限最长不超过６年；造成患者残疾的，赔偿年限最长不超过３年。
造成患者下列情形之一的为二级医疗事故：
1.双眼球摘除或双眼经客观检查证实无光感;
2.小肠缺失90%以上，功能完全丧失;
3.四肢肌力Ⅱ级(二级)以下(含Ⅱ级)，临床判定不能恢复;
4.双侧有功能肾脏缺失或孤立有功能肾缺失，用透析替代治疗;
5.上肢一侧腕上缺失或一侧手功能完全丧失，不能装配假肢，伴下肢双膝以上缺失。
发生二级医疗事故找如下部门投诉：
1.医院投诉。找法网提醒您，通常医院医务科负责接待投诉；
2.对处理结果不满意的，可以提请医疗事故鉴定，鉴定的专家通常都是从专家库里面随机抽取的；
3.可以通过医疗纠纷调解委员会进行调解；向人民法院提起诉讼。
