员工怀孕，与劳动者协商一致可以直接离职。或者用人单位存在以下情形之一时直接离职：用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；未依法为劳动者缴纳社会保险费的。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条
用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
找法网提醒您，因怀孕辞职扣工资是不合理的。根据我国的法律规定，女职工可以向企业主管部门或者劳动监察部门投诉，或者在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对劳动行政部门处理决定或仲裁裁决不服的，可向人民法院起诉。
《女职工劳动保护特别规定》第五条
用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
1.辞职后个人是不能续生育险的，必须要找新的单位帮忙缴纳的，不然是无法使用生育保险的；
2.若用人单位未依法为职工缴纳生育保险费，造成职工不能享受生育保险待遇的，由用人单位按照法律规定的项目和标准支付其生育保险待遇。
《企业职工生育保险试行办法》第四条
生育保险根据“以支定收，收支基本平衡”的原则筹集资金，由企业按照其工资总额的一定比例向社会保险经办机构缴纳生育保险费，建立生育保险基金。生育保险费的提取比例由当地人民政府根据计划内生育人数和生育津贴、生育医疗费等项费用确定，并可根据费用支出情况适时调整，但最高不得超过工资总额的百分之一。企业缴纳的生育保险费作为期间费用处理，列入企业管理费用。
