是允许单位与劳动者约定违约金的。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条
用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条
除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
《中华人民共和国劳动合同法》第九十条
劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
找法网提醒您，劳动合同违约金纠纷的处理途径如下：
1.协商。协商达成的协议没有强制执行力，当事人仍然可以申请仲裁或起诉。
2.调解。解决劳动争议中的调解，主要由企业内部的劳动争议调解委员会进行。调解达成协议后，争议双方应自觉履行，但没有强制执行力。
3.仲裁。劳动争议仲裁在我国是由劳动争议仲裁委员会进行的。仲裁裁决具有强制执行力。
劳动合同违约金纠纷的仲裁时效是1年。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条
劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
