三方协议书与劳动合同的主要差异是：
1.签订时间不同：
三方协议：应在毕业生就业之前签订。
劳动合同：在毕业生到用人单位报到后才签订。
2.主体不同：
三方协议：适用于应届毕业生与用人单位、学校三方之间，学校是就业协议的鉴证方或签约方，就业协议对用人单位的性质没有规定，适用任何单位；
劳动合同：只适用于劳动者（含应届毕业生）与用人单位（不含公务员单位和比照实行公务员制度的组织和社会团体以及军队系统）之间，与学校无关。
3.内容不同：
三方协议：内容主要是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业、用人单位表示愿意接受毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业方案，而不涉及毕业生到用人单位报到后应享有的权利义务。
劳动合同：主要内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，劳动权利义务更为明确。
4.目的不同：
三方协议：是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是编制毕业生就业方案和将来双方订立劳动合同的依据。
劳动合同：主要是劳动关系确立后使劳动者和用人单位的合法权益得到应有的保障。
找法网提醒您，用人单位不签劳动合同有以下处罚：自用工之日起超过一个月未签，向劳动者每月支付二倍的工资；自用工之日起超过一年未签，视为签订无固定期限劳动合同，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条
用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
劳动合同没有具体的期限规定，只要双方协商一致，劳动合同期限可以约定任意时长，也可以约定无固定时长，还可以约定以完成一定的工作任务为期限。劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
