办理农村宅基地使用证流程如下：
1.向宅基地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出办证申请；
2.提交身份证明、登记原因证明等材料；
3.对提交的材料进行审核；
4.符合规定的，核发宅基地使用证。
根据《土地管理法实施条例》第四条第二款的规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
宅基地被他人侵占，可以先协商解决。如果无法协商，可以请求人民政府处理。
根据《土地管理法》第十四条的规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
找法网提醒，农村宅基地的确权时间是如果是向人民法院起诉确权的，时间为三年；但如果自宅基地权利受到损害之日起时间已经超过二十年的，一般人民法院就不再予以保护。
根据《民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
