国有土地上自建房不一定属于违建。
违章建筑，是指在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证或违反建筑工程规划许可证的规定建设的，或采取欺骗手段骗取批准而占地新建、扩建和改建的建筑物。
《城乡规划法》第六十四条
未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
当土地使用权存在争议时应采取的处理措施是：
1.协商解决。即由发生争议的双方当事人在平等自愿的基础上，就争议双当事人在平等自愿的基础上，就争议的土地进行协商，取得一致意见的，签定书面协议，并送当地人民政府土地行政主管部门备案。
2.调解解决。双方当事人协商不成时，当事人一方或双方可以向当地政府土地行政主管部门提出处理申请。土地行政主管部门接到申请后，先进行调解。调解达成协议的，制作调解书，经双方当事人签名或盖章，调解人员署名并加盖调解机关的印章。
3.政府处理解决。当调解未达成协议，或者经调解达成协议，但在调解书送达前，一方或者双方当事人反悔的，土地行政主管部门应及时提出处理意见，报人民政府作出处理决定。
4.行政复议解决。政府对土地权属争议的处理决定在性质上属于土地确权行为，即属于政府的一种具体的行政行为，所以，如果当事人对政府的处理决定不服，可以依法申请行政复议，通过复议方式解决争议。
5.行政诉讼解决。如果当事人对有关复议机关的复议决定不服，还可以向人民法院提起诉讼，通过诉讼方式解决争议。由于行政复议不是行政诉讼的必经程序，所以，当事人如果对政府的处理决定不服，也可以不经行政复议程序，直接向人民法院起诉。
找法网提醒您，土地使用权出让的方式有三种：协议、招标、拍卖。在这三种方式中，招标和拍卖具有公开性、竞争性，一般不存在低价出让国有土地使用权的现象；协议出让由于没有引入竞争机制，土地由谁使用，特别是土地出让金的确定，具有主观因素。非法低价(包括无偿)出让主要发生在以协议方式出让土地的行为上，规范协议出让最低价标准至关重要。
