拆迁款纠纷发生时的处理是应当协商，拆迁人与被拆迁人可以通过直接对话的方式达成和解协议。协商无法解决的可以司法起诉，运用法律手段与国家强制力维权自己的合法权益。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
拆迁补偿纠纷起诉需要以下证据：
1.证明原、被告诉讼主体资格的证据材料；
2.涉讼房屋拆迁的行政依据；
3.提供拆迁补偿安置协议及补充、变更、解除合同的协议等；
4.属二次性安置的，提供临迁房屋的状况证明；已回迁的，提供回迁房屋的状况证明；
5.支付或领取临时安置补助费和其他有关费用的凭证；
6.与诉讼请求或当事人的主张相关的其他证据材料。
当事人应按对方当事人的人数加一，向法院提交证据材料复印件份数。比如，原告提交证据材料，案件有一个被告，应向法院提交证据材料复印件一式两份；有两个被告，则提交证据材料复印件一式三份，依次类推。对证据材料原件，当事人应按法院通知或在出庭诉讼时提交。
被拆迁人可以向当地政府申请裁决，如果对裁决不服，可以向人民法院提起民事诉讼。
1.拆迁行政管理部门。找法网提醒您，一般而言，拆迁行政管理部门作出拆迁许可、拆迁决定、拆迁补偿裁决等行政行为的，原告不服提起行政诉讼的，拆迁行政管理部门为被告。
2.人民政府。城市房屋拆迁行政诉讼中，以人民政府为被告的一般是以下几种情形：
(1)由人民政府下属的“拆迁办公室”充当拆迁人同时又作出许可决定和裁决；
(2)由人民政府或者土地管理局成立的临时性组织，如“拆迁指挥部”等充当拆迁人，同时作出许可决定和裁决；
(3)由政府专门成立的土地储备中心充当差遣人由人民政府作出裁决。
