公司申请破产员工工资由公司的破产财产进行清偿。
《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依下列顺序清偿：
（一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
（二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
（三）普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
1.股东会做出解散公司的决议；
2.十五日内成立清算组；
3.通知债权人申报债权；
4.清算组制定清算方案；
5.发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产；
6.清算结束后，清算组应当制作清算报告。
找法网提醒您，《企业破产法》第一百零七条的规定，人民法院依照本法规定宣告债务人破产的，应当自裁定作出之日起五日内送达债务人和管理人，自裁定作出之日起十日内通知已知债权人，并予以公告。
债务人被宣告破产后，债务人称为破产人，债务人财产称为破产财产，人民法院受理破产申请时对债务人享有的债权称为破产债权。
公司破产后法人在一定期限内不得担任其他企业的法定代表人、董事、监事、高管。找法网提醒您，企业破产是属于民事纠纷，涉及不到刑事责任，法人代表申请破产是不需要承担刑事责任的。破产指公司因不能清偿到期债务，无力继续经营，由法院宣告停止营业，进行债权债务清理的状态。
《公司法》第187条，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交给人民法院。
