未签署工伤赔偿协议企业该按照如下方式进行赔偿：
一般应由社保经办机构从工伤保险基金中来赔偿；如果单位也没有为员工参保的，则由单位按照工伤保险待遇项目和标准来赔偿。
《中华人民共和国社会保险法》第三十八条
因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付:
（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；
（二）住院伙食补助费；
（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；
（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；
（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；
（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；
（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；
（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；
（九）劳动能力鉴定费。
找法网提醒您，申请工伤赔付需要提供下列资料：
1.申请人的身份证明；
2.单位与职工之间的劳动合同；
3.工伤认定决定书；
4.劳动能力鉴定结论；
5.和支付工伤医疗费、鉴定费等费用的单据。
《工伤保险条例》第十八条
提出工伤认定申请应当提交下列材料：
（一）工伤认定申请表；
（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；
（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。
工伤仲裁时效是一年。就工伤赔偿和用人单位产生争议的，属于劳动争议，劳动者可以申请劳动仲裁解决劳动争议。
《劳动争议调解仲裁法》第二十七条
劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
