员工上班迟到被扣工资不合法，但是因劳动者的原因造成公司损失可扣除工资，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；其他。
员工迟到早退旷工，如果严重违反了用人单位规章制度的，可以辞退。劳动者有下列情形之一的，用人单位可以辞退：严重违反用人单位的规章制度的；在试用期间被证明不符合录用条件的；被依法追究刑事责任的；严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；其他。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
迟到多久算旷工具体要按公司的规章制度来看。找法网提醒您，所谓旷工，就是指劳动者未经请假即缺勤，缺勤就是劳动者应到却未到岗工作。判断劳动者是否到岗工作并不以是否有考勤记录作为唯一标准，关键在于是否到岗工作、是否应出勤而未出勤。
在《劳动法》中没有规定旷工多少天算自动离职，只有用人单位在制定的规章制度里或者劳动合同里有注明，得看签订合同的情况。
