处理合伙协议纠纷案件的方式如下：
1.协商解决；
2.通过第三者调解解决；
3.申请仲裁。不愿通过协商、调解解决或者协商、调解不成的，可以按照合伙协议约定的仲裁条款或者事后达成的书面仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁；
4.诉讼途径解决。合伙协议中未订立仲裁条款，事后又没有达成书面仲裁协议的，可以向人民法院起诉。
《中华人民共和国合伙企业法》第三十三条合伙企业的利润分配、亏损分担，按照合伙协议的约定办理；合伙协议未约定或者约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分配、分担；无法确定出资比例的，由合伙人平均分配、分担。
合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。
合伙协议的基本条款有：
1.合伙企业的名称和主要经营场所的地点；
2.合伙目的和合伙经营范围；
3.合伙人的姓名或者名称、住所；
4.合伙人的出资方式、数额和缴付期限；
5.利润分配、亏损分担方式；
6.合伙事务的执行；
7.入伙与退伙；
8.争议解决办法；
9.合伙企业的解散与清算；
10.违约责任。
合伙人协议与股东协议的区别如下：
1.股东协议是股东之间的协议，基础是双方都是公司的股东，双方在出资范围内对公司承担责任，通过公司章程成立公司；
2.个人合作协议，双方根据合作协议承担责任、享受权利。找法网提醒您，可以存在于合伙等多种企业形式中。
