处理合伙协议纠纷案件的正确方式包括：
1.协商解决；
2.通过第三者调解解决；
3.申请仲裁。不愿通过协商、调解解决或者协商、调解不成的，可以按照合伙协议约定的仲裁条款或者事后达成的书面仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁；
4.诉讼途径解决。合伙协议中未订立仲裁条款，事后又没有达成书面仲裁协议的，可以向人民法院起诉。
找法网提醒您，合伙协议纠纷案件的诉讼请求主要有以下几种：
1.要求给付合伙盈余款。主要针对合伙经营有赢利的情况，比如扣除原材料款、外加工款或人工工资，尚有盈余，此时要求按照出资比例分配利润。
2.要求支付合伙垫付款或费用。在合伙期间未按出资比例实际支出，一方垫付款项较多，而合伙经营收入主要由另一方领取或控制，又不肯主动配合对帐清算的情形下，垫付较多一方提出主张。
3.要求返还投资款或投资设备。合伙事项未按约开展，或者双方约定了投资款返还的条件时，原告提出该种请求，
4.要求支付退火(股)款。该类案件共4件，合伙人退伙时，经协商订有书面协议，明确约定了另一方应当支付的款项金额，如另一方违约不履行，原告就提出该种请求。
5.要求支付合伙亏损补偿款。由于合伙经营发生亏损，一方支出相对较多，要求另一方按出资比例结算后补偿相应的差额。
6.要求确认合伙协议无效或解除合伙协议，同时退还投资款。该种诉讼请求一般在合伙目的无法实现，或合伙主体资格及合伙内容有法律禁止性规定时，由受损相对较大一方提出主张。
7.所以，个人合伙合同纠纷一案开庭的处理方法首先从掌握合伙的最本质特征作为开始，直到合伙人散伙时在清理完各种税款后，清理对外债务，仍有剩余时，退还各自投资，还有财产时分取利润作为结束，一共是期中处理方法。
合伙协议就是设立合伙组织必备的法律文件，是明确合伙人各项权利和义务的基础性法律文件，同时也是设立合伙组织必须上报主管部门的必备法律文件。合伙协议作为一种共同的民事法律行为，要取得法律的确认和保护，从而对合伙协议的当事人具有法律上的约束力，就必须具备法定的如下要件：
1.合伙协议的当事人具有相应的订立合伙协议的民事行为能力；
2.合伙协议的意思表示必须真实；
3.合伙协议不违反社会公共利益。
