旷工3天自离无其他违法、损害公司权益行为的，员工与公司协商一致办理离职手续的，公司应该扣去旷工天数后根据员工的在职时间支付工资。若是给公司造成损失的，公司可基于法律规定要求劳动者赔偿损失。
自离要办离职手续。不管是被公司开除还是主动申请离职，都需要进行离职交接，将工作交接给其他同事，同时办理当事人的离职手续，比如填写离职人员交接单、领取离职证明等。根据公司的规章制度进行办理离职手续。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第五十条
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。
找法网提醒您，用人单位不发工资的解决办法如下：
1.协商解决。被拖欠工资时，最好的解决办法是和单位进行协商解决。
2.到劳动监察部门投诉举报。12333是全国统一的劳动行政部门咨询投诉电话，大多数地区是24小时人工服务。
3.到劳动仲裁委员会申请仲裁。需要注意的是，要在劳动争议发生之日起一年内内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。
4.去法院起诉。如果对仲裁结果不满意的在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉。对仲裁结果服从的，劳动仲裁裁决生效后，用人单位不执行的，可申请法院强制执行。
